分岐は２パターンで、分岐シナリオは存在しない。
下記の条件をすべて満たしていれば第５０話の冒頭で分岐選択肢が提示される。
【条件】
・第４７話で波動砲を使用した。
・第４９話終了時点でエースパイロットが２５人以上いる。
・第４９話終了時点でグレートエースが１人以上いる。
ゲーム上での呼称が特に見当たらないので、便宜上このサイトでは通常ルート／困難ルートと呼称することにする。
通常ルート
分岐選択肢が提示されなかった場合か、分岐選択肢「もう戦いは終わったと思う」を選択した場合に進む。
第５０話「終わりなき戦い」
第５１話「因果の果てに」
最終話「遥かなる故郷」
困難ルート
分岐選択肢「これからも困難が待ち受けていると思う」を選択した場合に進む隠しルート。