分岐は３パターンで、分岐シナリオにて主人公の所属する部隊を選ぶ。
地上
分岐選択肢「地上部隊に編成する」を選択した場合に進む。
母艦は宇宙戦艦ヤマトで、ユニットはマジンガーＺ、真ゲッター、ザンボット３、ダイターン３、勇者特急隊、エヴァンゲリオンで構成。
【地上ルート参加メンバーの原作一覧】
・ヱヴァンゲリヲン新劇場版
・宇宙戦艦ヤマト２１９９
・真ゲッターロボ 世界最後の日
・真マジンガー 衝撃! Ｚ編
・無敵鋼人ダイターン３
・無敵超人ザンボット３
・勇者特急マイトガイン
宇宙
分岐選択肢「宇宙部隊に編成する」を選択した場合に進む。
母艦はラー・カイラム、ネェル・アーガマで、ユニットは宇宙世紀のＭＳ、ＸＢガンダムで構成。
【宇宙ルート参加メンバーの原作一覧】
・機動戦士Ｚガンダム
・機動戦士ガンダムＺＺ
・機動戦士ガンダム 逆襲のシャア
・機動戦士ガンダム 閃光のハサウェイ
・機動戦士クロスボーン・ガンダム
・機動戦士ガンダムＵＣ
西暦世界
分岐選択肢「西暦世界部隊に編成する」を選択した場合に進む。
母艦はプトレマイオス２改、エターナル、トゥアハー・デ・ダナン、ナデシコＣで、ユニットはソレスタルビーイングのガンダム、プラントとオーブのガンダム、ＡＳ、パラメイル、エステバリスで構成。
【西暦世界ルート参加メンバーの原作一覧】
クロスアンジュ 天使と竜の輪舞
フルメタル・パニック！
機動戦士ガンダム００
機動戦士ガンダムＳＥＥＤ ＤＥＳＴＩＮＹ
劇場版 機動戦艦ナデシコ