分岐は２パターンで、分岐シナリオにて主人公の所属する部隊を選ぶ。
ここでナデシコルートに進むと、
ティエリアがダブルオークアンタのサブパイロットとなりラファエルガンダムが使えなくなることに注意したい。
ヤマトルートならラファエルガンダムのパイロットとして残す選択肢がある。
詳しくは下記「隠し要素」を参照。
→ 隠し要素 – ラファエルガンダム（ティエリア）運用継続
ヤマト
分岐選択肢「ヤマト部隊に配属する」を選択した場合に進む。
ナデシコとの合流時に不可欠なボソントランスミッターを使用するため強い精神感応波を送る人間が必要ということで、機動部隊はＭＳで構成されている。
【ヤマトルート参加メンバーの原作一覧】
・宇宙戦艦ヤマト２１９９
・機動戦士Ｚガンダム
・機動戦士ガンダム 逆襲のシャア
・機動戦士ガンダム 閃光のハサウェイ
・機動戦士ガンダム００
・機動戦士ガンダムＳＥＥＤ ＤＥＳＴＩＮＹ
・機動戦士ガンダムＵＣ
・機動戦士ガンダムＺＺ
・機動戦士クロスボーン・ガンダム
第４３話「接触」
第４４話「挟撃、ドメル幕僚団」
第４５話「人の生きる意味」
ナデシコ
分岐選択肢「ナデシコ部隊に配属する」を選択した場合に進む。
【ナデシコルート参加メンバーの原作一覧】
・クロスアンジュ 天使と竜の輪舞
・フルメタル・パニック！
・ヱヴァンゲリヲン新劇場版
・劇場版 機動戦艦ナデシコ
・真ゲッターロボ 世界最後の日
・真マジンガー 衝撃! Ｚ編
・無敵鋼人ダイターン３
・無敵超人ザンボット３
・勇者特急マイトガイン