分岐は2パターンで、分岐シナリオにて主人公の所属する部隊を選ぶ。
宇宙世紀世界
分岐選択肢「宇宙世紀世界に残留する」を選択した場合に進む。
母艦は宇宙戦艦ヤマト、ラー・カイラム、ネェル・アーガマ、トゥアハー・デ・ダナンで、ユニットは宇宙世紀のMS、XBガンダム、AS、マジンガーZ、真ゲッター、エヴァンゲリオンで構成。
【宇宙世紀世界ルート参加メンバーの原作一覧】
・フルメタル・パニック!
・ヱヴァンゲリヲン新劇場版
・宇宙戦艦ヤマト2199
・機動戦士ガンダム 逆襲のシャア
・機動戦士ガンダム 閃光のハサウェイ
・機動戦士ガンダムUC
・機動戦士ガンダムZZ
・機動戦士クロスボーン・ガンダム
・真ゲッターロボ 世界最後の日
・真マジンガー 衝撃! Z編
第28話「未来への招待」
第29話「進化の行き先」
第30話「変わりゆく世界」
第31話「灼熱のダカール」
第32話「戦場のクロスハート」
西暦世界
分岐選択肢「西暦世界に行く」を選択した場合に進む。
母艦はナデシコB、プトレマイオス2改で、ユニットはエステバリス、ソレスタルビーイングのガンダム、プラントとオーブのガンダム、勇者特急隊、ダイターン3、ザンボット3、パラメイル第一中隊で構成。
【宇宙世紀世界ルート参加メンバーの原作一覧】
・クロスアンジュ 天使と竜の輪舞
・機動戦士ガンダム00
・機動戦士ガンダムSEED DESTINY
・劇場版 機動戦艦ナデシコ
・無敵鋼人ダイターン3
・無敵超人ザンボット3
・勇者特急マイトガイン
第28話「激突する正邪」
第29話「復讐の果てに」
第30話「裏切りの故郷」
第31話「永遠の自由」
第32話「黒き神の歌」