分岐は２パターンで、分岐シナリオにて主人公の所属する部隊を選ぶ。
宇宙世紀世界
分岐選択肢「宇宙世紀世界に残留する」を選択した場合に進む。
母艦は宇宙戦艦ヤマト、ラー・カイラム、ネェル・アーガマ、トゥアハー・デ・ダナンで、ユニットは宇宙世紀のＭＳ、ＸＢガンダム、ＡＳ、マジンガーＺ、真ゲッター、エヴァンゲリオンで構成。
【宇宙世紀世界ルート参加メンバーの原作一覧】
・フルメタル・パニック！
・ヱヴァンゲリヲン新劇場版
・宇宙戦艦ヤマト２１９９
・機動戦士ガンダム 逆襲のシャア
・機動戦士ガンダム 閃光のハサウェイ
・機動戦士ガンダムＵＣ
・機動戦士ガンダムＺＺ
・機動戦士クロスボーン・ガンダム
・真ゲッターロボ 世界最後の日
・真マジンガー 衝撃! Ｚ編
第２８話「未来への招待」
第２９話「進化の行き先」
第３０話「変わりゆく世界」
第３１話「灼熱のダカール」
第３２話「戦場のクロスハート」
西暦世界
分岐選択肢「西暦世界に行く」を選択した場合に進む。
母艦はナデシコＢ、プトレマイオス２改で、ユニットはエステバリス、ソレスタルビーイングのガンダム、プラントとオーブのガンダム、勇者特急隊、ダイターン３、ザンボット３、パラメイル第一中隊で構成。
【宇宙世紀世界ルート参加メンバーの原作一覧】
・クロスアンジュ 天使と竜の輪舞
・機動戦士ガンダム００
・機動戦士ガンダムＳＥＥＤ ＤＥＳＴＩＮＹ
・劇場版 機動戦艦ナデシコ
・無敵鋼人ダイターン３
・無敵超人ザンボット３
・勇者特急マイトガイン
第２８話「激突する正邪」
第２９話「復讐の果てに」
第３０話「裏切りの故郷」
第３１話「永遠の自由」
第３２話「黒き神の歌」