分岐は２パターンで、分岐シナリオにて主人公の所属する部隊を選ぶ。
アンジュ捜索
分岐選択肢「ヴァングレイはアルゼナルに残す」を選択した場合に進む。母艦はプトレマイオス２改とトゥアハー・デ・ダナンで、ユニットはソレスタルビーイングのガンダム、ミスリルのＡＳ、パラメイルで構成。ストーリーはクロスアンジュが中心になっている。
【アンジュ捜索ルート参加メンバーの原作一覧】
・クロスアンジュ 天使と竜の輪舞
・フルメタル・パニック！
・機動戦士ガンダム００
第１５話「孤島の出会い」
第１６話「絆、再び」
第１７話「舞い降りる翼」
日本帰還
分岐選択肢「ヴァングレイは日本に向かわせる」を選択した場合に進む。母艦はナデシコＢで、ユニットは勇者特急隊、宇宙世紀のＭＳで構成。ストーリーはマイトガインとナデシコが中心となっている。
【日本帰還ルート参加メンバーの原作一覧】
・機動戦士ガンダム 閃光のハサウェイ
・機動戦士ガンダムＺＺ
・機動戦士クロスボーン・ガンダム
・劇場版 機動戦艦ナデシコ
・勇者特急マイトガイン